А приходилось вам когда-нибудь лёжа, с чувством выполненного долга, на зелёной травке случайно раздавить надоедливую стрекозу?.. После этого ваша жизнь становится буквально "с ног на голову"... Сюжет игры начинает своё развитие непосредственно после событий оригинальных "Теней Чернобыля" когда Стрелок уничтожает "О-Сознание" и Зона прекращает своё существование.
Вот только... Всё так... и не совсем так... Главный герой оказывается в Припяти - городе, который блокирован неизвестными силами и явлением неизвестной ему природы. Из города нет выхода, но почему-то "входы" для избранных существуют. И его целью становится найти возможность покинуть это замкнутое пространство. В ходе решения этой проблемы Меченый встречается как со многими старинными знакомыми, запертыми в этом "котле", так и с новыми действующими лицами; все они имеют свои личные цели, определяющие их поступки.