Действия происходят в 2013-ом году, а Главный Герой - мутант - бывший подопытный «О-Сознания». Годами после разрушения Х-лабораторий он скрывался под землёй – в шахтах Тёмной Лощины - с такими же, как он, и не выходил на поверхность. Игра начинается с его первой вылазки. На поверхности его ждут невероятные события, к которым он не был готов. В процессе игры Главный Герой повстречает множество новых персонажей, а также героев, известных нам по другим модификациям и Трилогии Сталкер.