1 проверить диск утилитой типа MHDD или Victoria или же можно скачать пак програм типа BOOT SD
2 я предпологаю что проблемма не в какихто файлах а в самом жестком диске по всей вероятности раздел слетел такое бывало
3 HDD подключить к другому ПК и проверить сам HDD командой chkdsk / имя раздела /r это долго но работает