В папке, куда вы устанавливали, необходимо запустить Stalker-COP.exe, не нужно ничего копировать.
.bat файл запускает xrEngine.exe из папки bin, а не Stalker-COP.exe, который лежит в корневой папке. Скорее всего, появятся другие проблемы с игрой.
Ярлык создаётся на файл Stalker-COP.exe, а не на xrEngine.exe.