Менеджер Модов для того и ввели в сталкер чтобы поставлять вместе с модом опциональные аддоны, которые не обязательны к установке ни технически ни концептуально. Если бы они были обязательны технически или концептуально, то разработчик бы закинул их сразу в папку геймдата, без возможности отключения через ММ (без возможности выбора игроком).
Если какой то аддон, поставляемый вместе с ММ, обязателен для подключения технически (например фикс багов), то об этом будет дополнительно сказано разработчиком, что этот аддон/ы обязателен для активации в ММ. Если же оговорки нет, то скорее всего аддоны - опциональны (не обязательны).
В целом, именно так, как описано выше. Есть конечно исключения из общего правила, когда например, нет возможности у разработчика закинуть исполняемые файлы напрямую сразу в геймдату (потому что геймдаты нет, ибо основная игра, поставляется запакованной для экономии размера файла ) или просто разработчик выбрал такой способ поставки своего мода, как онли ММ (как например аддон на DA Evil Zone). Тогда обычно видно, что в раздаваемом архиве нет никакой геймдаты, а есть например одна папка с ММ и аддоны в нем.
В любом случае, для обязательных аддонов, умный разработчик всегда сделает оговорку, что они обязательны к активации, либо это будет видно из названия самих аддонов (например вы скачиваете графический мод на ЧН, а в архиве раздачи один аддон, подключаемый через ММ, который так и называется, например "Новое небо для ЧН" - тогда тоже сразу понятно, что этот аддон обязателен к активации).
Если же в архиве раздачи есть отдельно геймдата и отдельно ММ, то как правило именно папка "геймдата" и является основным модом, а аддоны в ММ, идут опционально (например так было с последним модом у Оверина - Сурвайвл, где репак после установки, дал нам папку с игрой (модом) и отдельно в ней папку с ММ, без активированных аддонов, аддоны необходимо было активировать отдельно, исходя из своих вкусов и возможностей своего ПК).
Вот так будет выглядеть у вас ММ, если вы не захотите активировать "Патроны без пояса", "Индикаторы обнаружения...", "Замедление времени":
При этом все остальное (весь мод) будет работать и будет работать корректно ибо папку "геймдата" вы закинули в папку с игрой (с оригинальным DA), а именно там (в ней) были главные файлы, делающие мод модом (изменяющие оригинальную модификацию, модифицирующие ее).
Дополнено 14 минуты спустя
https://modfaq.ru/Ключи_запуска_X-Ray_Engine