Действия игры происходят в 2013 году, спустя год, после событий оригинального сюжета Зова Припяти. Группа наёмников во главе с Морганом выполняют поставленную перед ними задачу - отыскать в лаборатории "X8" документацию о неком проекте "Возрождение". Среди бойцов отряда как и раз и оказывается главный герой игры. Однако в этой операции все идет не по плану, что кардинально меняет жизнь персонажа в дальнейшем.