Кажется, разобрался... Путь надо указать в файле run.bat, который находится в папке Stalker2PakCfgMergeTool, которая, в свою очередь, появилась в папке с установленной игрой. Так или нет?
Дополнено 0 минут спустя
А, извини, твой ответ не прочитал. Да, все, вроде, получилось