При переходе на локацию Тёмная долина с кладбища техники, рядом с заводом базой бандитов, потерял все квесты активные.
Последовательность была такая: надел костюм бандитов (меня видели (напарник), поэтому группировка не изменилась), оставил напарника, перешёл и все квесты отметились выполненными, то есть пропали). При этом можно брать новые и заканчивать, но иди по сюжету, стало невозможно, Живая легенда - когда появились квестовые документы и на карте метка на разговор барменом, в диалоге у него нет нужного выбора.
Предполагаю, что переодевания в костюм группировки бандиты и проверка скриптом на результат, при загрузке на новую локацию так радикально сработали, пломалась принадлежность игрока к фракции и соответственно все взятые квесты завершились. Лечение: загрузка на ранние сейвы.