В «АльтернативА» версии 1.3.2 добавлена новая глобальная сюжетная линия, посвященная главному герою, которая получила две новые концовки. Продвигаясь по сюжетной линии, ГГ будет меняться, а в какую - лучшую или худшую сторону, будет решать игрок. Дополнены некоторые уже существующие квесты. Новая сюжетная линия адаптирована для прохождения за сталкера, её нет в прохождении за военного.